Hakone er et af Japans mest kendte onsen-områder, hvor besøgende kan kombinere afslapning i varme kilder med udsigt over Fuji-bjerget og naturen. Hotellerne her spænder fra traditionelle ryokaner med tatami-måtter og fælles bade til moderne hoteller med private bade og internationale faciliteter. For eksempel tilbyder Gora Kadan, et medlem af Relais & Chateaux, som ligger en 5-minutters gang fra Gora Station, både varme kilder, massage, indendørs pool og gourmetmiddage med sæsonens råvarer. Familien ejede Fuji-Hakone Guest House, der ligger i Fuji-Hakone National Park, byder på private varme bade, fælles badeværelser og traditionel japansk indretning med futon og yukata. Prisniveauet varierer fra budgetvenlige guesthouses til eksklusive ryokaner, så de fleste rejsende kan finde en mulighed, der passer til deres budget.
Populære områder at bo i inkluderer Hakone-Yumoto, hvor mange hoteller ligger tæt på stationen og butikker, samt Gora, som er kendt for sine museer og rolige omgivelser. De fleste onsen-hoteller tilbyder faciliteter som fælles bade, åbne bade, spa-behandlinger, japanske måltider og gratis wifi. For eksempel har Hakone Kowakien Hotel familievenlige værelser, en svømmepøl med udsigt, sauna og en buffetrestaurant med både japanske og europæiske retter. Hotel Indigo Hakone Gora by IHG tilbyder moderne design, en restaurant med europæisk køkken og gratis transport til områdets attraktioner. Når du vælger et hotel, bør du overveje, om du foretrækker et fælles badeanlæg eller et privat badekar på værelset, samt om du ønsker at have mulighed for at booke måltider som del af opholdet. Mange ryokaner serverer traditionel kaiseki-middag, hvilket kan være en enestående kulinarisk oplevelse.