Boutique-hoteller i Amsterdam byder på personlighed og originalt design, ofte indrettet i historiske bygninger langs kanalerne eller i trendy kvarterer som De Pijp, Oost og Museumkvarteret. Forvent færre værelser, men højere detaljegrad med unikke møbler, lokale kunstværker og moderne bekvemmeligheder som gratis WiFi og cykeludlejning. Priserne starter typisk fra 1200 kr. per nat, afhængigt af sæson og beliggenhed. De fleste boutique-hoteller ligger gåafstand fra museer, markeder og restauranter, hvilket gør dem ideelle for rejsende, der ønsker autentisk byliv.
Blandt de bedste er Inntel Hotels Amsterdam Centre, der tilbyder airconditionerede rum og en populær morgenmadsbuffet i hjertet af byen. Sir Albert Hotel i De Pijp imponerer med sit asiatiske køkken og elegante design inspireret af kunstbevægelser. The Manor Amsterdam i Oost kombinerer monumental arkitektur med en italiensk atmosfære og en fælleshave. For miljøbevidste rejsende er Hotel V Frederiksplein et godt valg - det er kåret som Hollands grønneste hotel og har en unik rund pejs i loungen.